В XI-XII вв. начался период систематизации боевых искусств. В систему подготовки воинов-самураев входило искусное владение мечом, копьем, луком и другими традиционными видами оружия, верховой ездой.

Бурно развивалось кэн-джитсу — самурайское искусство владения мечом. В эпоху Токугава кэн-джитсу стало составной частью кодекса самурайской чести — бусидо — и рассматривалось как важнейшее средство духовного воспитания личности. В Японии существовало более 1500 школ кэн-джитсу, технический арсенал которых насчитывал несколько тысяч приемов.

В XVII веке в Японии появилось иай-джитсу — искусство молниеносного выхватывания меча с нанесением удара из любого положения, родоначальником которого считается самурай Хаясидзаки Дзиноскэ. В X веке Масацугу Дзэнсе основал первую школу кю-джитсу — искусства стрельбы из лука.

В 1532 г. на острове Кюсю Тэкэноути Хисамори основал первую школу рукопашного боя в легком снаряжении (когу-соку), техника школы была предшественницей техники будущих школ джиу-джитсу.

Приблизительно в это время на Японские острова началось проникновение технических элементов различных школ китайского кэмпо (цюаныиу кит). Существует множество цветистых легенд, описывающих этот процесс.

Согласно одной из версий китайского происхождения джиу-джитсу, иммигрант из Китая Чэнь Юаньбин открыл в храме Секоку-дзи в городе Эдо (современный Токио) школу, где обучал приемам цинна — составной части ушу, основанной на искусстве захватов.

Лучшие ученики Чэнь Юаньбина самураи Ситироэмон Фукуно, Едзиемон Миура, Дзиродзаэмон Исогай впоследствии основали собственные школы: Фукуно-рю, Миура-рю, Исогай-рю.

Систематизация техники джиу-джитсу связана с деятельностью японского врача Акаямы Сиробэи. Изучая медицину в Китае, Акаяма ознакомился с китайскими боевыми искусствами. Возвратившись на родину, Акаяма Сиробэи после трехлетнего уединения провозгласил создание собственной школы, синтезировавшей боевые элементы сумо и борьбы в доспехах с китайской техникой. Кстати, им был сформулирован один из основополагающих принципов джиу-джитсу — принцип податливости, использования силы противника против него же.